Обучение на заочном отделении ведется индивидуально. В течение учебного года учащимся  последовательно становятся доступны задания по изучаемым предметам (6 заданий за год). Учащиеся самостоятельно изучают теоретическую часть задания, выполняют в личном кабинете на платформе  тесты и задачи и в установленные сроки отправляют выполненное задание на проверку. За каждым учеником закрепляется преподаватель (студент, аспирант или выпускник МФТИ), осуществляющий проверку и рецензирование работ учащихся. После проверки учащимся становятся доступны авторские решения.

 
Полная программа обучения рассчитана на 4 года (8–11 кл.), но поступать можно в любой из классов с 8-го по 11-й.
 
Задания содержат теоретический материал, разбор характерных примеров и задач по соответствующей теме и по 8–12 контрольных вопросов и задач для самостоятельного решения. Это и простые задачи, и более сложные (на уровне конкурсных задач в МФТИ и в другие ведущие вузы). Задания составляют опытные преподаватели кафедр общей физики, высшей математики, департамента химии и лаборатории геномной инженерии МФТИ, а так же другие специалисты, имеющие большой опыт работы с одарёнными школьниками.