В течение учебного года ученик в соответствии с программой получает по каждой теме задания по физике, математике, информатике и химии (по 4 - 7 заданий в год в зависимости от предмета). Выполненные работы, присылаемые учениками, проверяют преподаватели ЗФТШ. Ученику высылается проверенная работа с рецензией и авторские решения контрольной части задания. Индивидуальный подход преподавателя к ученику, его доброжелательная и квалифицированная помощь заочной физико-технической школой гарантируется.
 
Прием на заочное отделение проводится на конкурсной основе по результатам выполнения вступительного задания по физике, математике, информатике и химии. Полная программа обучения рассчитана на 4 года (8–11 кл.), но поступать можно в любой из классов с 8-го по 11-й.
 
Задания содержат теоретический материал, разбор характерных примеров и задач по соответствующей теме и по 8–12 контрольных вопросов и задач для самостоятельного решения. Это и простые задачи, и более сложные (на уровне конкурсных задач в МФТИ и в другие ведущие вузы). Задания ЗФТШ составляют опытные преподаватели кафедр общей физики, высшей математики, информатики и общей химии МФТИ. Работы учащихся-заочников проверяют студенты, аспиранты и выпускники МФТИ (часто – выпускники ЗФТШ).