Помимо работы с заочниками в ЗФТШ имеется и очное отделение. Филиал очного отделения имеются в Жуковском. Основная же работа сконцентрирована в Долгопрудном и ведется на базе Физтеха. Преподают на очном отделении ЗФТШ студенты, выпускники, аспиранты и преподаватели МФТИ.
 
Каждый год в Долгопрудном набирается около 40 классов — с восьмого по одиннадцатый. В неделю проводится один семинар по физике и один по математике длительностью 2–3 академических часа. Занятия идут в течение всего учебного года. Работа ведется по программе ЗФТШ, в ее основу положены методические разработки для заочников, но разбор и прием заданий проводятся очно. Кроме этого, на семинарах проводятся контрольные работы с последующим их разбором.
 
Преподаватели очного отделения ЗФТШ, как правило, более подробно раскрывают вопросы, изложенные в пособиях для заочников, и сопровождают их разбором дополнительных задач и теоретических вопросов в рамках школьной программы. Кроме вопросов в рамках школьной программы у преподавателей остается время и на вопросы, выходящие за ее рамки, что развивает кругозор абитуриентов и способствует более осмысленному выбору ими научно-технического направления.
 
При учебе на очном отделении ЗФТШ у школьников есть возможность живого общения с грамотными и живо интересующимися наукой молодыми людьми, которые сами, в еще недалеком прошлом, были абитуриентами Физтеха, и сохранили живое понимание проблем, встающих перед старшеклассником при серьезном освоении основ физики и математики.
Большое внимание в работе ЗФТШ уделяется подготовке ребят к написанию письменных экзаменов. В течение учебного года ребята выпускных классов пишут несколько контрольных работ по основным разделам школьного курса. Проводится традиционная выездная олимпиада МФТИ. Все это позволяет школьникам привыкнуть к продуктивной работе в обстановке письменного экзамена.

 

С учащимися проводится и "внеклассная" работа. Устраивается ставшая уже традиционной экскурсия на кафедры, в лаборатории и в музей МФТИ, проводятся физико-математические регаты. У ребят есть возможность получить консультации и научное руководство при подготовке к участию в традиционной конференции школьников "Старт в науку", проводящейся в МФТИ каждый год в начале апреля.

 

Обучение в ЗФТШ бесплатное и доступно практически любому интересующемуся школьнику. Стоит отметить, что уровень требований, подбор материала и интенсивность его изложения приводят к естественной сепарации абитуриентов. Ребята могут до поступления в вуз составить адекватное представление о современной науке и технике, о требованиях, предъявляемых к обучающимся в МФТИ. Соответственно, у них есть больше шансов сделать правильный выбор Вуза и своей будущей профессии.

  

По окончании учебы на основании результатов работы в учебном году и полученной оценки на итоговом экзамене, учащимся выдается удостоверение ЗФТШ с оценками по физике, математике, информатике и химии. Как правило, практически все успешно закончившие очное отделение ЗФТШ школьники поступают в МФТИ и в другие московские вузы с повышенными требованиями по физике и математике.